สมควรปรับปรุงแบ่งส่วนราชการเสียใหม่ เพื่อให้การปฏิบัติราชการเกิดความคล่องตัว มีประสิทธิภาพ และเหมาะสมกับสภาพงานในขณะนั้น และเนื่องจาก ข้อ 6 แห่งประกาศของคณะปฏิวัติ ฉบับที่ 218 ลงวันที่ 29 กันยายน พ.ศ.2525 กำหนดว่า การแบ่งส่วนราชการภายในกรมให้ตราเป็นพระราชกฤษฎีกาพระบาทสมเด็จพระปรมินทรรมหาภูมิพลอดุลยเดชมีพระบรมราช โองการโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชกฤษฎีการแบ่งส่วนราชการกรมการศึกษานอกโรงเรียน กระทรวงศึกษาธิการ ขึ้นใหม่
เมื่อวันที่ 28 มิถุนายน พ.ศ.2534 โดยให้ยกเลิกพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการ กรมการศึกษานอกโรงเรียน พ.ศ. 2522 และให้แบ่งส่วนราชการใหม่ดังนี้ สำนักงานเลขานุการกรม กองคลัง กองส่งเสริมปฏิบัติการ กองการเจ้าหน้าที่ กองแผนงาน กองพัฒนาการศึกษานอกโรงเรียน ศูนย์เทคโนโลยีทางการศึกษา ศูนย์บริภัณฑ์เพื่อการศึกษา และหน่วยศึกษานิเทศก์ โดยมีนายอานันท์ ปันยารชุน นายกรัฐมนตรี เป็นผู้สนองพระบรมราชโองการ นอกจากนี้ ยังมีส่วนราชการประเภทสถานศึกษาในราชการบริหารส่วนกลาง ได้แก่ ศูนย์การศึกษานอกโรงเรียนภาคใน 5 ภูมิภาค ๆ ละ 1 แห่ง ศูนย์การศึกษานอกโรงเรียนจังหวัด 73 แห่ง ใน 73 จังหวัด ศูนย์การศึกษานอกโรงเรียนประเภทบุคคลภายนอก 1 แห่ง ศูนย์ฝึกและพัฒนาอาชีพราษฎรไทยบริเวณชายแดน 1 แห่ง ที่ อ.สระแก้ว จ.ปราจีนบุรี และเมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ.2553 กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งศูนย์ฝึกและพัฒนาอาชีพราษฎรไทยบริเวณชายแดนฯ เพิ่มขึ้นอีก 9 แห่ง ที่จังหวัด อุตรดิตถ์ เลย มุกดาหาร เชียงราย ชุมพร ตาก กาญจนบุรี สุรินทร์ และ ปัตตานี รวมทั้งประกาศจัดตั้งศูนย์การศึกษานอกโรงเรียนอำเภอขึ้น 125 แห่ง ใน 35 จังหวัด

ในปี พ.ศ. 2546 กรมการศึกษานอกโรงเรียน ปรับเปลี่ยนเป็นสำนักบริหารงานการศึกษานอกโรงเรียน สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ อันเป็นผลสืบเนื่องจากการปฏิรูปการศึกษา โดยมีภารกิจหลักคือ จัดส่งเสริม และสนับสนุนการจัดการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย ด้วยการบริการกิจกรรมการศึกษา 5 กิจกรรมหลัก ได้แก่ การศึกษาขั้นพื้นฐาน การศึกษาเพื่อพัฒนาอาชีพ การศึกษาเพื่อพัฒนาทักษะชีวิต การศึกษาเพื่อพัฒนาสังคมและชุมชน และการศึกษาเพื่อส่งเสริมการเรียนรู้ตามอัธยาศัย